circos 可视化手册-line plot 篇

circos 可视化手册-line plot 篇

​​line plot​​​在​​circos​​中的用法比较简单，示例如下：

对于折线图而言，调整外观的属性有以下4个

1. thickness

​​thickness​​ 控制线条的粗细

2. color

​​color​​ 控制线条的颜色

3. fill_color

​​fill_color​​控制填充色，在折线的下方进行颜色填充

4. max_gap

在直线图中，会看到如下所示的分割线，​​max_gap​​​的作用就是设置分割线的间距，​​max_gap = 1u​​​ 代表每隔1个单位画一条分割线，其用法和​​ticks​​类似

控制位置的属性在前面的文章中我们已经介绍过了，这里在重复一遍。

​​r0​​​和​​r1​​​分别设置圆环的内径和外径，​​max​​​和​​min​​​设置y轴的最大值和最小值，​​orientation​​​控制y轴0点的位置，​​orientation = in​​​代表 ​​y = 0​​​ 位于r1上；​​orientation = out​​​表示​​y = 0​​​位于r0 上；​​z​​代表优先级，数值越大，优先级越高，当两个折线图重叠时，优先级高的会有优先显示。

与​​backgrounds​​​, ​​axes​​​, ​​rules​​​的结合使用，在​​scatter plot​​​中，我们也介绍过了，今天解锁一种​​axes​​的新用法，代码如下

在之前的文章中，我们看到了用​​y0​​​, ​​y1​​​指定范围，在用​​spacing​​​参数设定间隔的用法, 这种用法方便的设置多条轴线，今天的这个例子中，通过​​position​​直接设置轴线的位置，用于指定单条轴线。

最后放一张​​line plot​​​的示例，在下图中，除去染色体外，包括3个​​line plot​​​; 最内圈的​​line plot​​​有3种填充色，背景色也有3种，另外两圈的​​line plot​​​中，其​​axes​​​的定义就是使用了​​position​​​的用法，可以看到其轴线非常少，只有2,3条；最内圈的​​line plot​​​的轴线则采用​​spacing​​的用法，其轴线非常多，而且均匀分布

完整代码如下

<><><><>karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txtchromosomes_units = 1000000chromosomes = hs1 # ;hs2;hs3chromosomes_display_default = notype = linethickness = 2max_gap = 1ufile = data/6/snp.density.250kb.txtcolor = vdgreymin = 0max = 0.015r0 = 0.5rr1 = 0.8rfill_color = vdgrey_a3color = vvlgreeny0 = 0.006color = vvlredy1 = 0.002color = lgrey_a2thickness = 1spacing = 0.025rcondition = var(value) > 0.006color = dgreenfill_color = dgreen_a1condition = var(value) < 0.002color = dredfill_color = dred_a1# outside the circle, oriented outmax_gap = 1ufile = data/6/snp.density.txtcolor = blackmin = 0max = 0.015r0 = 1.075rr1 = 1.15rthickness = 1fill_color = black_a4color = lgreenthickness = 2position = 0.006color = lredthickness = 2position = 0.002z = 5max_gap = 1ufile = data/6/snp.density.1mb.txtcolor = redfill_color = red_a4min = 0max = 0.015r0 = 1.075rr1 = 1.15r# same plot, but inside the circle, oriented inmax_gap = 1ufile = data/6/snp.density.txtcolor = blackfill_color = black_a4min = 0max = 0.015r0 = 0.85rr1 = 0.95rthickness = 1orientation = incolor = lgreenthickness = 2position = 0.01color = vlgreenthickness = 2position = 0.008color = vlgreenthickness = 2position = 0.006color = redthickness = 2position = 0.002z = 5max_gap = 1ufile = data/6/snp.density.1mb.txtcolor = redfill_color = red_a4min = 0max = 0.015r0 = 0.85rr1 = 0.95rorientation = in<>

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