GAGE:基因组组装评估的金标准

GAGE:基因组组装评估的金标准

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GAGE全称Genome Assembly Gold-Standard Evaluations,该项目选取了4个物种，然后用常用的几款基因组组装软件分别进行组装，最后对所有组装结果进行评估，为选取基因组组装软件提供了参考 。

官网如下：

​​aureusRhodobacter sphaeroidesHuman (e.g. chromosome 14)Bombus impatiens (a species of bee)

对于组装而言，最核心的问题是组装软件和参数的设置，GAGE 评估了以下8款软件

AByssALLPATHS-LGBambus2Celera AssemblerMSR-CASGASOAPdenovoVelvet

官网提供了上述四个物种的原始序列，可以用于-测试，链接如下

​​两方面进行了评估。以​​human​​为例，评估结果如下

对于一个组装结果而言，其组装序列数目越小，N50越大，说明组装效果越好。从上表可以看出，Allpaths-LG的组装效果是最好的。

GAGE不仅为选取组装软件提供了参考，同时也可以作为一个基因组组装的学习资源。官网提供了测序序列，也提供软件运行的代码，我们只需要照着分析，就可以完成基本的分析工作了。

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