PlncRNADB:植物lncRNA数据库

PlncRNADB:植物lncRNA数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!

lncRNA在生命活动中发挥重要作用，不仅在哺乳动物中广泛存在，在植物中也是存在的，目前植物中的lncRNA研究相对动物而言较少，只有水稻，杨树，苜蓿，棉花等几个物种有相关报导。

PlncRNADB是一个专注于分析植物中lncRNA的数据库，网址如下

​​通过tophat+cufflinks的策略组装得到转录本序列；首先去除长度小于200nt的转录本，然后过滤掉ORF长度大于120AA的转录本，最后通过​​CPAT​​软件预测转录本的蛋白编码潜能，从而识别lncRNA转录本；识别到lncRNA之后，通过​​catRAPID​​在线服务预测lncRNA和蛋白之间的相互作用；

该数据库共包含了以下4个物种的lncRNA信息

Arabidopsis lyrataArabidopsis thalianaPopulus trichocarpaZea mays

以拟南芥为例，通过​​Noncoding RNAs​​可以查看具体的lncRNA信息，示意如下

通过导航栏的​​lncRNA​​菜单，可以预测lncRNA，上传fasta格式的序列，然后选择对应的阈值即可，示意如下

通过导航栏的​​Network​​菜单，可以查看lncRNA和蛋白质之间的相互作用，示意如下

通过导航栏的​​SNP​​菜单，可以查看位于lncRNA上的SNP位点，示意如下

这个数据库提供了一种研究植物中lncRNA的思路，其预测lncRNA序列和lncRNA-protein相互作用的方法值得借鉴。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

版权声明：本文内容由网络用户投稿，版权归原作者所有，本站不拥有其著作权，亦不承担相应法律责任。如果您发现本站中有涉嫌抄袭或描述失实的内容，请联系我们jiasou666@gmail.com 处理，核实后本网站将在24小时内删除侵权内容。