app开发者平台在数字化时代的重要性与发展趋势解析
1029
2022-11-25
使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据
欢迎关注”生信修炼手册”!
通过UCSC基因组浏览器,我们不仅可以查看别人已经公布的数据,还可以上传自己的数据进行查看,支持以下bed,vcf,bigwig等多种常见的文件格式,完整的格式列表请参考以下链接
从bam文件得到bedgraph文件
通过bedtools可以实现,用法如下
bedtools genomecov -ibam input.bam -bg > result.bedgraph
2. 编辑track信息
track type=bedGraph name=case color=0,128,0 visibility=full priority=20
3. 上传文件
在UCSC的主页上,通过My Data->Custom Tracks, 打开上传文件的链接,示意如下
UCSC基因组浏览器也是可视化的常用工具之一,使用简单方便,更多高级的展示功能值得深入学习。
·end·
—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—
版权声明:本文内容由网络用户投稿,版权归原作者所有,本站不拥有其著作权,亦不承担相应法律责任。如果您发现本站中有涉嫌抄袭或描述失实的内容,请联系我们jiasou666@gmail.com 处理,核实后本网站将在24小时内删除侵权内容。
发表评论
暂时没有评论,来抢沙发吧~