使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据

使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据

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通过UCSC基因组浏览器，我们不仅可以查看别人已经公布的数据，还可以上传自己的数据进行查看，支持以下bed,vcf,bigwig等多种常见的文件格式，完整的格式列表请参考以下链接

​​从bam文件得到bedgraph文件

通过bedtools可以实现，用法如下

bedtools genomecov -ibam input.bam -bg > result.bedgraph

2. 编辑track信息

track type=bedGraph name=case color=0,128,0 visibility=full priority=20

3. 上传文件

在UCSC的主页上，通过My Data->Custom Tracks, 打开上传文件的链接，示意如下

UCSC基因组浏览器也是可视化的常用工具之一，使用简单方便，更多高级的展示功能值得深入学习。

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