JASPAR:转录因子motif数据库

JASPAR:转录因子motif数据库

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JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库，在该数据库中收录了转录因子的mitif信息，可以用来预测转录因子与序列的结合区域。网址如下

​​JASPAR CORE

该类别下都是从文献中收集的，有实验证据支持的真核生物转录因子motif信息，而且经过了人工核对，是一个非冗余的，高质量的转录因子motif数据库，所以也是整个数据库中的核心。

由于其高质量量，非冗余等特性，通常情况下，该类别信息都是我们的第一选择。每个motif编号以​​MA​​开头，示意如下

2. Collection CNE

该数据集包含了233个调控人类非编码基因的转录因子motif信息，是根据Xie et al. (PNAS 2007)文章中的数据收集整理的，编号以​​CN​​开头，示意如下

3. Collection FAM

该类别下保存的是转录因子的类别class信息，多个转录因子可以拥有相同的调控序列，将调控序列相同的转录因子归为一类。每个class的编号以​​MF​​开头，示意如下

4. Collection PBM

该类别下是运用体外技术分析了104个小鼠的转录因子后得到的motif信息，每个motif编号以​​PB​​开头，示意如下

5. Collection PBM HLH

和PBM类似，只不过该类别下是 C. elegans bHLH的19个转录因子的信息，物种不同，该类别下的motif编号以​​PL​​开头，示意如下

6. Collection PBM HOMEO

该类别下包含的是小鼠的转录因子motif信息，是从文献Berger et al (Cell 2008)整理得到的，每个motif编号以​​PH​​开头，示意如下

7. Collection PHYLOFACTS

该类别下分析的是哺乳动物进化保守基因的转录因子motif信息，对应的文章为

Systematic discovery of regulatory motifs in human promoters and 3’ UTRs by comparison of several mammals

每个motif的编号以​​PF​​开头，示意如下

8. Collection POLII

该类别包含的是RNA聚合酶结合区域的motif序列，每个motfi编号以​​PL​​开头，示意如下

9. Collection SPLICE

该类别包含的是human剪切位点的motif序列，数据量很小，一共只有6个motif, 每个motif编号以​​SA​​开头，示意如下

每个collection都是一个小的子集，core 是整合了所有这些子集，从而构建的非冗余数据集。在core数据集中，将物种分层了一下6大类别

通过官网的检索功能，可以方便的进行检索，示意图如下

在检索出的motif详情页面，提供了许多信息，以​​MA0001.1​​为例

1.  基本信息

包括名字，编号，类别，对应的物种等信息，示意如下

2. Sequence logo

motif每个bp上碱基的分布，碱基的大小与对应的频率成正比，频率越大，对应的字母越大，示意如下

3. position frequency matrix

简称PFM, motif每个bp上四种碱基的频数分布，提供了多种格式的-，示意如下

4， Binding sites

红色标识的是motif对应的具体的序列，示意如下

该数据库提供了-功能，主要是motif对应的PFM矩阵，示意如下

JASPAR数据库是免费的，但是相比TRANSFAC数据库， 还是有很多不足之处，首先就是motif数量的差异，比TRANSFAC数据库少了许多，其次就是信息的类别上，JASPAR只提供了motif信息，并没有直接的转录因子调控的靶标基因的信息。

通过JASPAR数据库，我们只能获取转录因子的motif信息，然后通过软件去预测和DNA序列的结合位点，即TFBS。

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