Mendel errors对家系分型数据进行过滤

Mendel errors对家系分型数据进行过滤

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Mendek errors 称为孟德尔误差，在遗传学上，当一个个体的allel不可能从双亲获得时，可以称这个allel为孟德尔误差。

示意图如下 ：

Mendel error 可能的原因有以下3种：

基因分型错误不论时父本分型错误，还是子代分型错误，都可能导致allel不符合遗传规律的情况父母信息不正确该个体的父母信息搞错了，所以分型结果对应不上de novo 突变子代发生了新突变

在分析家系遗传病相关的SNP位点时，Mendel error 通常作为SNP位点过滤的一种手段。

在plink 中，在读取家系分型数据时，会通过Mendel error过滤样本和SNP位点，用法如下

plink --file mydata --me 0.05 0.1

​​--me​​参数指定的就是mendel error 的阈值，第一个参数0.05用于过滤样本，如果某个样本中有5%以上的mendel error SNP位点，则去除该样本；第二个参数对SNP位点进行过滤，如果该SNP位点所有样本的分型结果中，有超过10%的mendel error, 则去除该样本。

需要注意的是，只有在分析家系相关遗传病时，才会进行这个过滤。因为de novo 突变不可能与遗传病相关。

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