Abyss:基于布隆过滤器的基因组组装软件

Abyss:基于布隆过滤器的基因组组装软件

主流的NGS基因组组装软件都是先将序列划分成kmer, 然后基于de Bruijn Graph图论算法，得到组装好的序列。程序运行时，kmer字符串时存储在内存中，所以要求计算机的内存要足够大。

Abyss 基于布隆过滤器，不直接储存字符串，减少了内存的消耗。软件的官网如下

​​xzvf abyss-2.1.0.tar.gzcd abyss-2.1.0/./configure --prefix=$(pwd) --without-sparsehashmake

编译成功后，会生成许多的可执行文件，这些文件分散在不同的目录下，想要成功运行该软件，需要将这些可执行文件都添加到PATH环境变量中，写法如下

export ABYSS_HOME=/soft/abyss-2.1.0export PATH=$ABYSS_HOME/ABYSS:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/AdjList:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Align:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/bin:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Bloom:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/BloomDBG:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Consensus:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/DAssembler:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/DataBase:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/dialign:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/DistanceEst:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/FilterGraph/:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/FMIndex/:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/GapFiller:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Graph:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/KAligner:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/kmerprint:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Konnector:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Layoutp:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/LogKmerCountr:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Map:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/MergePaths:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Overlap:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/PairedDBG:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/ParseAligns:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/PathOverlap:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/PopBubbles:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Scaffold:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Sealer:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/SimpleGraph:$PATH

只需要调整​​ABYSS_HOME​​​，将其设置为软件所在的实际目录即可，可以在​​~/.bahsrc​​文件中设置以上环境变量，然后运行下列代码

source ~.bahsrc

这样环境变量就会生效，至此，软件才算安装成功。官网还提供了测试数据集，-测试数据集的方法如下

wget xzvf test-data.tar.gztree -L 1 test-data├── reads1.fastq└── reads2.fastq

测试数据集是一个双端测序的结果文件，用Abyss进行组装的命令如下

abyss-pe k=25 name=test in='test-data/reads1.fastq test-data/reads2.fastq'

​​name​​参数是生成文件的前缀，运行结束后，会生成很多文件，以下两个文件是我们最关注的

test-contigs.fatest-scaffolds.fa

分别对应contig和scaffold的结果。

对于Abyss而言，只能通过for 循环，实现多个kmer 梯度组装，用法如下

for k in `seq 50 8 90`; do mkdir k$k abyss-pe -C k$k name=test k=$k in=reads.fadone

更多的参数和用法请参考官方文档。

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