SMART:蛋白质结构域数据库

SMART:蛋白质结构域数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!

SMART是蛋白结构域的数据库，该数据库最新版本为v8,收录了1300多个蛋白结构域信息，覆盖了来自uniprot, ensembl等多个数据库的蛋白。官网如下

​​ensembl的蛋白质信息，这些蛋白序列是存在冗余的，​​genomic​​模式下只包含了拥有完整蛋白质组的物种的信息。

两种模式可以通过​​SETUP​​菜单进行切换，通过颜色可以辨别所处的模式，示意如下

通过右上角的​​Search SMART​​按钮，可以检索该数据库，支持以下蛋白名称和domain两种检索方式。

输入uniprot或者ensembl 数据库中的蛋白ID进行检索，示例如下，根据uniprot数据库中的蛋白ID​​C1S_HUMAN​​进行检索

​​ domian 结构图

从图中，可以看出，该蛋白质包括以下5种domain

CUBEGF_CACCPTryp_SPc

还提供了每个结构域的位置信息

2. 蛋白质相互作用

提供了来自STRING数据库的蛋白相互作用信息，示意如下

3.  pathway 信息

提供了Metabolic pathway 和 Kegg pathway 两个数据库的通路注释信息，示意如下

4. orthology group 注释

提供了来自eggNOG数据库的注释信息，示意如下

5. 转录后修饰

提供了来自PTM数据库的转录后修饰信息，示意如下

按照​​domain​​​进行检索，示例如下，根据domian名称​​CUB​​进行检索。对于每个domain, 采用SM开头的编号唯一标识，同时提供了和其他数据库的关联信息，还支持-多序列比对的结果。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

版权声明：本文内容由网络用户投稿，版权归原作者所有，本站不拥有其著作权，亦不承担相应法律责任。如果您发现本站中有涉嫌抄袭或描述失实的内容，请联系我们jiasou666@gmail.com 处理，核实后本网站将在24小时内删除侵权内容。