VISTA:人和小鼠的增强子数据库

VISTA:人和小鼠的增强子数据库

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VISTA结合比较基因组学，chip_seq等数据分析手段和实验方法，来识别人和小鼠中的增强子，该数据库的网址如下

​​在人和小鼠等物种中，在物种间保守的序列中有一半的区域都包含增强子序列，所以通过比较基因组学的手段识别物种间保守的基因组序列，对于增强子分析有一定的参考意义；同时采用EP300蛋白的chip_seq结果，也可以识别到很多的增强子区域。

通过结合以上两种生物信息学分析手段，首先识别到候选的增强子序列，然后通过转基因小鼠试验，通过实验手段验证增强子的增强活性。

利用首页的检索功能，可以查看该数据库中的记录，示意如下

可以通过染色体区间进行检索，也可以通过基因名称等其他方式，检索结果示意如下

同时考虑到增强子的组织特异性，通过组织切片技术研究在不同组织中增强子的表达情况，提供了以下组织的相关信息

ForebrainMidBrainHindbrainNeural TubeEyeEarDorsal Root GangliaTrigeminalCranial NervesHeartTailLimbNoseFaceBranchial Arch

通过​​Advance Search​​, 可以根据增强子在不同组织中的表达信息进行筛选，示意如下

通过​​VISTA​​数据库，可以方便的检索人和小鼠的增强子信息。

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