Juicebox:Hi-C数据可视化利器

Juicebox:Hi-C数据可视化利器

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Juicer软件运行之后会得到后缀为​​hic​​的结果文件，该文件可以导入到juicebox这个工具中进行可视化。该工具是一款图形界面工具，可以方便的查看和展示Hi-C图谱，从以下链接可以-该软件

​​Annotation Panel​​​可以打开注释文件面板，注释信息分为1D和2D的两种，1D的主要指的是chip_seq,RNA_seq等信息，2D指的是TAD,染色质环等信息，通过​​Load ENCODE​​可以导入ENCODE数据库中的一维注释，示意如下

勾选需要导入的注释信息，通过​​Load​​进行导入，打入之后界面如下

每个导入的track的颜色等配置可以在面板中进行调整，如下所示

通过​​Load Loops/Domain​​可以导入2D的注释信息，示意如下

导入之后在Hi-C图谱中看到对应的标记，如下所示

黄色区域标记的是TAD, 浅蓝色区域标记的是染色质环，调整好之后的图片也可以导出成PDF或者SVG格式。

通过juicebox, 可以动态探索Hi-C图谱，轻松实现高质量的Hi-C图片可视化效果。

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