Juicer:Hi-C数据处理分析的利器

Juicer:Hi-C数据处理分析的利器

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通过Hi-C数据可以分析TAD,chromatin loops等染色质空间结构的基本单元，加强我们对染色质三维结构的认知。面对海量的Hi-C数据，如何高效完成数据分析成为了一个挑战。

目前针对Hi-C数据的分析也有很多的软件可以用，而juicer无疑是使用的最广泛的软件之一。该软件的源代码托管在github上，网址如下

​​GPU，集群等硬件资源来加速处理速度提供了数据预处理，交互图谱创建和可视化，TAD和染色质环结构预测等一些列完整的pipeline简单易用，不需要复杂的背景知识

该软件按照功能拆分成了三个大的分析步骤，依次运行即可得到最终的分析结果

数据预处理，将原始的fastq序列比对参考基因组，识别其中的valid pairs, 并生成一个后缀为hic的文件读取hic文件，创建可视化的交互图谱，也称之为contact map, 并进行归一化采用算法预测TAD和染色质环等结构

完整功能示意如下

juicer采用ArrowHead算法对原始的交互矩阵进行转化，并预测TAD拓扑关联结构域，采用HiCUUPS算法识别染色质环chromatin loops。和其他Hi-C数据处理软件相比，juicer的功能更为齐全

juicer独创了一种名为​​hic​​的文件格式，用来存储Hi-C数据的相关信息，这种格式是一种高度压缩的二进制文件格式，在以下链接可以查看这种格式的详细信息

​​https://github.com/theaidenlab/juicebox/blob/master/HiC_format_v8.docx​​

在后续的文章中，会详细介绍该软件的用法。

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