TCGA Copy Number Portal:肿瘤拷贝数变异数据中心

TCGA Copy Number Portal:肿瘤拷贝数变异数据中心

欢迎关注”生信修炼手册”!

肿瘤的形成过程中涉及到了多种类型的基因组变异，比如点突变，拷贝数变异，基因融合等等，肿瘤和遗传病不同，各种基因组变异是后天形成的，所以在肿瘤研究中，关注的是体细胞上的基因组变异。

将肿瘤体细胞上的拷贝数变化，somatic copy-number alterations, 简称为SCNAs。通过​​GISTIC​​软件来识别关键的驱动型SCNAs和对应的靶基因，相关结果存储在TCGA Copy Number Portal，网址如下

​​GISTIC AnalysisCancer-Centric GISTIC Analysis

以第二种方式为例，首先选择数据分析的版本和感兴趣的肿瘤类型

结果分为了3个部分

1. summary

对肿瘤数据集包含的样本个数和分析结果进行了简单描述，示意如下

同时还给出了分析过程的简要描述和软件对应的参数，示意如下

2. Amplifications

扩增的结果示意如下

3. Deletions

缺失的结果示意如下

通过这个数据库，可以查看TCGA中各种肿瘤的拷贝数变异分析结果。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

版权声明：本文内容由网络用户投稿，版权归原作者所有，本站不拥有其著作权，亦不承担相应法律责任。如果您发现本站中有涉嫌抄袭或描述失实的内容，请联系我们jiasou666@gmail.com 处理，核实后本网站将在24小时内删除侵权内容。