使用OncoLnc进行TCGA生存分析

使用OncoLnc进行TCGA生存分析

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通过收集整理TCGA中不同肿瘤患者的生存数据和基因表达谱信息，OncoLnc提供了一个生存分析的web服务，对应文章的链接如下

​​3中基因的生存分析，可以方便的挖掘各种肿瘤中和生存相关的基因。

用法非常的简单，示意如下

1. 选择感兴趣的基因和肿瘤

在首页的搜索框中输入需要查询的基因，可以是entrez ID, 也可以是gene  symbol。以​​TP53​​为例，示意如下

选择感兴趣的肿瘤，可以进一步进行KM生存分析。

2. 输入样本分组

为了探究基因和生存的相关性，这里根据基因表达量的大小将样本分为​​high​​​和​​low​​两组，自己指定每组的比例，加起来是100%， 示意如下

上图中设置两组的比例都是50%，根据该基因的表达量从低到高排序，前50% 定义为地表达组，后50%定义为高表达组，示意如下

3. KM生存分析

通过OncoLnc可以方便的进行TCGA数据的生存分析，快速的查看多种肿瘤中与生存相关的基因。

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