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2022-10-06
Slurm集群下如何远程连接Jupyter并使用GPU资源?
背景
Slurm集群一般是由一个主节点(master)和各个带有GPU资源的子节点组成的,每次要想使用GPU需要通过主节点跳转到子节点。那么如果我们想使用jupyter使用子节点的GPU应该怎么做呢?
我有试过连接子节点后直接运行jupyter命令,然后再本地电脑上打开127.0.0.1:8888/token?=***,但是总是失败。其实,原因是因为我们本地电脑监听的是master节点的端口,并不能监听到子节点的端口,所以我们还需要将本地电脑和子节点的端口做映射之后才可访问jupyter。废话不多说,直接看如下教程:
新建一个终端连接集群中的某个节点,假设节点名是v100
假设你已经远程连接到你的集群的master节点,然后执行以下命令进入某个指定的带有GPU资源的节点
srun -N 1 -p v100 -t 1440 --pty "bash";
-p v100表示连接名为v100的节点-t 1440表示1440分钟,1440=24*60,即一天--pty "bash"表示进入交互界面
查看节点IP
cat /etc/hosts
运行上述命令后会打印出主节点和所有子节点的IP,输出大概长这样
127.0.0.1 localhost.localdomain localhost localhost4.localdomain4 localhost4::1 localhost.localdomain localhost localhost6.localdomain6 localhost610.31.29.16 psgcluster.cm.cluster ** master.cm.cluster master localmaster.cm.cluster localmaster10.31.11.21 wwmaster wwmaster.psg.**.zone10.10.0.1 hydra# PSG Cluster10.31.225.88 v9910.31.225.89 v100
在这个例子中我们需要找到v100节点的ip,可以看到是10.31.225.89。记住这个IP,后面会用到。
运行jupyter-lab
第一步运行后会进入v100节点,之后我们需要运行jupyter环境,指定一下端口号,这里以8889为例,你也可以设置其他端口
jupyter-lab --port 8889
... LabApp] JupyterLab application directory is /datasets/xihe/miniconda3/envs/hyperbox/share/jupyter/lab[I 2022-07-27 20:49:19.295 ServerApp] jupyterlab | extension was successfully loaded.[I 2022-07-27 20:49:19.296 ServerApp] Serving notebooks from local directory: /home/xihe[I 2022-07-27 20:49:19.296 ServerApp] Jupyter Server 1.11.0 is running at:[I 2022-07-27 20:49:19.296 ServerApp] 2022-07-27 20:49:19.296 ServerApp] or -L8889:10.31.225.89:8889 username@cluster.**.com
这样就完成了本地电脑和v100子节点在8889端口的映射,此时你在打开第3步输出的ip地址就可以访问jupyter啦,即http://127.0.0.1:8889/lab?token=0be46135c38dfaa32e6c9257d00cbcb1d19ec3cc5d93f548
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